1948年，任中央研究院历史语言所研究员，并在同年当选为中华民国中央研究院第一届院士。同年底董作宾随中央研究院和自己相伴多年而不忍心分开的大批文物迁往台湾，并提任台湾大学中国古文和历史教授。为该校中文系讲授古文学，为历史系讲授殷商史。1950年，他和友人一起创办《大陆杂志》，并任中央研究院历史语言研究所所长，并发表《武王伐纣年月日考》一文。1951年后，先后编著出版了《西周年历谱》和《殷墟文字乙编》。
1955年8月，他应香港大学之请，赴香港大学东方文化研究所任研究员，从事中国年历编写工作，并任香港大学历史系名誉教授和崇基、新亚、珠海三书院的教授。此间，他完成了中英文对照的《中国年历总谱》。
